Помилованье пришло в 48 году, когда Мессалина была убита, а женою Клавдия стала Агриппина, сестра Ливиллы и мать будущего императора Нерона, которому в ту пору было 11 лет и которого она энергично и целенаправленно вела к власти. Агриппина добилась возвращения Сенеки из ссылки, выхлопотала для него высокую государственную должность и предложила стать наставником ее сына: «Ведь полагали, что Сенека в память о благодеянии предан Агриппине и, оскорбленный несправедливостью, враждебен Клавдию» (Тацит, «Анналы»). Последний расчет не оправдался никто из историков не говорит об участии Сенеки в интригах Агриппины, в результате которых в 54 году Клавдий был отравлен и к власти пришел шестнадцатилетний Нерон. Но, принимая место наставника, Сенека, безусловно, шел на компромисс с собою, так как не мог не понимать планов Агриппины и нравов императорского двора. Положение его стало двойственным, жизнь разошлась с начертанной им самим и как будто уже окончательно избранной программой.
Оказавшись ближайшим советником молодого императора, Сенека с самого начала использовал свое влияние на то, чтобы обуздать властную жестокость Агриппины. Его союзником был префект претория (начальник гвардии) Афраний Бурр. «Они помогали друг другу, чтобы легче было удержать пребывавшего в опасном возрасте императора, дозволив ему, если он пренебрежет добродетелью, некоторые наслаждения», — пишет Тацит. Ценою таких компромиссов Бурру и Сенеке удалось добиться многого. Возрастает власть сената, о чем так мечтала республиканская оппозиция, достаточно открыто подававшая там голос. Проводятся финансовые мероприятия, имеющие целью отделить государственную казну от личного имущества императора. Стремление превратить провинции из ограбляемых завоеванных областей в органические составные части единой империи находит выражение в судебных процессах над наместниками, виновными в корыстных злоупотреблениях. Была предпринята попытка борьбы с разложением политических нравов — прежде всего с доносительством. Однако именно эта мера вызвала больше всего нареканий против Сенеки, слишком многие боялись участи обвиненных доносчиков.
Но Сенека не был бы Сенекой, если бы не попытался теоретически осмыслить свою политическую деятельность, найти ей оправдание с точки зрения нравственных норм стоицизма. Вслед за стоиками он полагал, что монархия при справедливом царе, носителе разума, может быть залогом благоденствия государства: «Только мудрец умеет быть царем». Об этом он писал в трактате «О милосердии», обращенном к Нерону, создавая образ идеального государя, мудреца у власти. Он — носитель разумного милосердия, которое позволяет государю найти должную меру между мягкостью и строгостью, необходимой для обуздания порочной толпы, этим исправляются нравы, а в государстве воцаряется единодушная и всеобщая любовь к правителю.